単行本未収録リスト
現在、読むことが出来る藤子不二雄Ⓐランド、中公文庫コミック版、デジタルセレクションには未収録のタイトルをリスト化しました。ぴっかぴかコミックス カラー版やMy First BIGに収録されているタイトルも現在は入手困難のため収載しています。目指せ完全収録！
新忍者ハットリくん【小学館・コロコロコミックほか】
| # | サブタイトル | て | ラ | 文 | ぴ | Ｍ |
| 1 | 父上からの小包うれしゅうござるの巻 | 4 | - | - | 3 | - |
| 2 | やってきたハゲタカ忍者の巻 | 4 | - | - | - | - |
| 3 | わが家は忍者屋敷でござるの巻 | 4 | - | - | - | 2 |
| 4 | 特訓競争にはキリがないでござるの巻 | 4 | - | - | - | - |
| 5 | ねらいは的中でござるの巻 | 4 | - | - | - | - |
| 6 | 忍法「風車手裏剣」の巻 | 9 | - | - | 4 | 1 |
| 7 | ばかにするなよ！忍者犬の巻 | 9 | - | - | - | 1 |
| 8 | 忍法「虫使い」の巻 | 9 | - | - | 4 | 1 |
| 9 | 熱気球空中戦の巻 | 9 | - | - | - | 2 |
| 10 | シンゾウの忍法修業の巻 | 9 | - | - | 2 | - |
| 11 | 忍者は孤独なものでござるの巻 | 9 | - | - | - | 2 |
| 12 | 怪人フライ・フィッシャーマンの巻 | 9 | - | - | - | 1 |
| 13 | とんだいそうろうの巻 | 9 | - | - | - | - |
| 14 | 風魔の千太夫の巻 | 10 | - | - | 2 | - |
| 15 | 必殺撮影人の巻 | 10 | - | - | - | - |
| 16 | ケン一氏はプロゴルファー志願の巻 | 10 | - | - | - | 2 |
| 17 | 忍法「鳥じゅうたん」の巻 | 10 | - | - | - | 1 |
| 18 | 怪ネコあらわる！の巻 | 10 | - | - | 3 | - |
| 19 | ケン一くんかりそめのラブの巻 | 10 | - | - | 1 | - |
| 20 | 忍法「冬山修業」の巻 | 10 | - | - | 1 | - |
| 21 | 忍法「岩ばしり」の巻 | 10 | - | - | - | - |
| 22 | ゼブラホテルへのご招待の巻 | 10 | - | - | - | 2 |
| 23 | プロゴルファーハットリくんの巻 | 10 | - | - | - | - |
| 24 | 空を飛ぶのはむずかしいの巻 | 10 | - | - | - | - |
| 25 | 獅子丸修業中の巻 | 11 | - | - | - | - |
| 26 | ワシをさらってほしいワンの巻 | 11 | - | - | - | 2 |
| 27 | ワシはスターだワン！の巻 | 11 | - | - | - | 2 |
| 28 | 笹熊猫がやってきたでござるの巻 | 11 | - | - | 3 | - |
| 29 | 忍法「足きたえ」の巻 | 11 | - | - | - | 1 |
| 30 | 忍法「雷おこし」の巻 | 11 | - | - | 3 | - |
| 31 | 伊賀の密書をうばえの巻 | 11 | - | - | - | 2 |
| 32 | 忍法「ブーメラン手裏剣」の巻 | 11 | - | - | - | 1 |
| 33 | 伊賀忍法「ウィンド・サーフィン」の巻 | 11 | - | - | - | 1 |
| 34 | 忍法「ギョタクづくり」の巻 | 12 | - | - | - | 2 |
| 35 | 忍法「目だたず」！！の巻 | 12 | - | - | - | - |
| 36 | フーマ忍者「風の目」きたるの巻 | 12 | - | - | - | - |
| 37 | 忍法「心しばり」の巻 | 12 | - | - | - | - |
| 38 | 忍法「雨呪い」対忍法「雨晴らし」の巻 | 12 | - | - | - | 1 |
| 39 | ワニは忍者ワニだワニ！！の巻 | 12 | - | - | - | 2 |
| 40 | 忍法「水中たつまき」の巻 | 12 | - | - | - | - |
| 41 | 忍法「万歩あるき」の巻 | 12 | - | - | - | - |
| 42 | 忍法「MTB」できめよう！の巻 | 12 | - | - | - | 1 |
| 43 | 忍法「サイドカー」の巻 | 12 | - | - | - | 2 |
| 44 | 映画原作 忍者ハットリくん＋パーマン 超能力ウォーズ | 13 | - | - | - | - |
| 45 | 映画原作 忍者ハットリくん＋パーマン 忍者怪獣ジッポウVSミラクル卵 | 13 | - | - | - | - |
| 46 | 忍法「老人パワー」でござるの巻 | 13 | - | - | 1 | - |
| 47 | 忍者・霧の又三郎の巻 | 13 | - | - | - | 2 |
| 48 | ガッチャ！忍法「先封じ」の巻」 | 14 | - | - | - | - |
| 49 | シンゾウ、忍者スターになりそこねる…の巻 | 15 | - | - | - | 1 |
| 50 | 忍法「面仮面」と「心かくし」の巻 | 15 | - | - | - | 1 |
| 51 | 忍法「とび腹話術」の巻 | 15 | - | - | - | 1 |
| 52 | 忍法「忍玉」…の巻 | 15 | - | - | 1 | - |
| 53 | 忍法「草スキー」でござるの巻 | 15 | - | - | - | - |
| 54 | 忍法「結界をはれ！」の巻 | 16 | - | - | - | - |
| 55 | ケムマキくん世界的スターを夢みる…の巻 | 16 | - | - | - | - |
| 56 | 甲賀忍法「キンキンニクニク～」の巻 | 16 | - | - | 3 | - |
| 57 | グルメもびっくり「忍者料理」の巻 | 16 | - | - | 4 | - |
| 58 | “忍法ハンコ”おつくりするでござるの巻 | 16 | - | - | - | 2 |
| 59 | 影千代のあこがれ料理は…？の巻 | 16 | - | - | 2 | - |
| 60 | 忍法「美顔術」の巻 | 16 | - | - | 2 | - |
| 61 | ケムマキくんの孤独な戦いの巻 | 16 | - | - | - | - |
| 62 | 忍法「ハリ治療」！！の巻 | 16 | - | - | - | - |
| 63 | にんぽう鳥よせ | - | - | - | 1 | - |
| 64 | ロボ丸をたおせ | - | - | - | 1 | - |
| 65 | 雨ふりにんぽう | - | - | - | 1 | - |
| 66 | にんぽうねこへん身 | - | - | - | 1 | - |
| 67 | 伊賀流サーフィンでござる | - | - | - | 1 | - |
| 68 | にんぽうすいか取り | - | - | - | 1 | - |
| 69 | にんぽうお月様に手りけん | - | - | - | 1 | - |
| 70 | にんぽう竹すべり | - | - | - | 2 | - |
| 71 | にんぽう自転車作り | - | - | - | 2 | - |
| 72 | にんぽう土もぐり | - | - | - | 2 | - |
| 73 | にんぽう花びら返し | - | - | - | 2 | - |
| 74 | にんぽうかえるとび | - | - | - | 2 | - |
| 75 | にんぽうくもの糸 | - | - | - | 2 | - |
| 76 | にんぽう大鳥よせ | - | - | - | 2 | - |
| 77 | 獅子丸のにんぽうたからさがし | - | - | - | 3 | - |
| 78 | にんぽう落ち葉絵かき | - | - | - | 3 | - |
| 79 | にんぽう雪だるま | - | - | - | 3 | - |
| 80 | サボテン忍者トゲ次郎 | - | - | - | 3 | - |
| 81 | にんぽうおりづる | - | - | - | 3 | - |
| 82 | にんぽうはちのす手りけん | - | - | - | 3 | - |
| 83 | にんぽう息わた | - | - | - | 3 | - |
| 84 | にんぽう落ち葉しばり | - | - | - | 4 | - |
| 85 | にんぽうむささびげり | - | - | - | 4 | - |
| 86 | にんぽうさめあやつり | - | - | - | 4 | - |
| 87 | 宇宙忍者ニンスター | - | - | - | 4 | - |
| 88 | くの一忍者かげやひめ | - | - | - | 4 | - |
| 89 | さよなら！ハットリくん…（※ひとつめの最終話） | - | - | - | - | - |